Centré sur le personnage de Christophe Colomb, le roman est construit en trois parties distinctes: la Harpe, la Main et l'Ombre. Dans la première partie, le futur pape Pie IX, en voyage au Chili en 1824, envisage déjà la béatification de Colomb. La seconde partie, de loin la plus importante, est constituée par la confession du navigateur à l'heure de sa mort. Enfin, dans l'Ombre, on assiste au fantastique procès en béatification, procès hypothétique, où l'écrivain Léon Bloy vient plaider la cause et où Jules Verne fait office d'avocat du diable.